இந்திய அணியில் 2004 ஆம் ஆண்டு இறுதியில் அறிமுகமானார் தோனி. தன்னுடைய திறமையான இன்னிங்ஸ்களை வெளிப்படுத்தி 2007 ஆம் ஆண்டே இந்திய டி 20 அணிக்குக் கேப்டனாக நியமிக்கப்பட்டார். அதன் பின்னர் படிப்படியாக ஒருநாள் மற்றும் டெஸ்ட் போட்டிகளின் கேப்டன் பதவியையும் பெற்று இந்திய அணியை சிறப்பாக வழிநடத்தினார்.
2007 ஆம் ஆண்டு டி 20 உலகக் கோப்பை, 2011 ஆம் ஆண்டு 50 ஓவர் உலகக் கோப்பை மற்றும் 2013 ஆம் ஆண்டு சாம்பியன்ஷிப் ஆகிய கோப்பைகளை அவர் தலைமையில் இந்திய அணி வென்றது. 2019 ஆம் ஆண்டுக்கு பிறகு சர்வதேச போட்டிகளில் இருந்து விலகிய தோனி இப்போது ஐபிஎல் போட்டிகளில் மட்டும் விளையாடி வருகிறார். அடுத்த ஆண்டு ஐபிஎல் தொடரோடு அவர் ஓய்வு பெறுவார் என எதிர்பார்க்கப்படுகிறது.
இந்நிலையில் ஐபிஎல் தொடங்கிய 2008 ஆம் தேதி எப்படி சி எஸ் கே வந்தேன் என்பது பற்றி தோனி ஒரு தகவலைப் பகிர்ந்துள்ளார். அதில் “அப்போது என்னையும் முத்திரை வீரராக வாங்க ஒரு அணி முடிவு செய்து என்னை அணுகியது. ஆனால் நான் 2007 ஆம் ஆண்டு டி 20 உலகக் கோப்பையை வென்ற அணியின் கேப்டன் என்பதால் ஏலத்தில் சென்றால் எனக்கு அதிக பணம் கிடைக்கும் என தோன்றியது. அதனால் ரிஸ்க் எடுத்து நான் ஏலத்துக்கு சென்றேன். நான் எதிர்பார்த்தபடியே ஏலத்தில் 1.5 மில்லியன் டாலர்களுக்கு சி எஸ் கே அணியால் ஏலத்தில் எடுக்கப்பட்டேன்” எனக் கூறியுள்ளார்.