இந்திய அணியில் 2004 ஆம் ஆண்டு இறுதியில் அறிமுகமானார் தோனி. தன்னுடைய திறமையான இன்னிங்ஸ்களை வெளிப்படுத்தி 2007 ஆம் ஆண்டே இந்திய டி 20 அணிக்குக் கேப்டனாக நியமிக்கப்பட்டார். அதன் பின்னர் படிப்படியாக ஒருநாள் மற்றும் டெஸ்ட் போட்டிகளின் கேப்டன் பதவியையும் பெற்று இந்திய அணியை சிறப்பாக வழிநடத்தினார்.
2007 ஆம் ஆண்டு டி 20 உலகக் கோப்பை, 2011 ஆம் ஆண்டு 50 ஓவர் உலகக் கோப்பை மற்றும் 2013 ஆம் ஆண்டு சாம்பியன்ஷிப் ஆகிய கோப்பைகளை அவர் தலைமையில் இந்திய அணி வென்றது. 2019 ஆம் ஆண்டுக்கு பிறகு சர்வதேச போட்டிகளில் இருந்து விலகிய தோனி இப்போது ஐபிஎல் போட்டிகளில் மட்டும் விளையாடி வருகிறார்.
இந்நிலையில் அடுத்த ஆண்டு நடக்கும் ஐபிஎல் தொடரோடு அவர் ஓய்வு பெறக்கூடும் என எதிர்பார்க்கப்படுகிறது. இதனால் அவருக்கு பிறகு சி எஸ் கே அணியை வழிநடத்தப் போவது யார் என்ற கேள்வி எழுந்துள்ளது. இதுபற்றி பேசியுள்ள சி எஸ் கே அணியின் பயிற்சியாளர் ஸ்டீபன் பிளமிங் “தோனிக்கு பிறகு யார் என்பதற்கு எங்களிடம் 10 ஆண்டுகளாக திட்டம் உள்ளது. ஆனால் இந்த முறை அந்த கேள்வி முக்கியமானதாக பார்க்கப்படுகிறது. ஆனால் தோனி அதைப் பற்றியெல்லாம் கவலைப் படாமல் உற்சாகமாக இருக்கிறார். ரசிகர்களின் அன்பால் எங்கள் அணி தொடர்ந்து வெற்றி பெறுவார்கள்” எனக் கூறியுள்ளார்.