திருச்செந்தூர் கோவில் கருவறை உட்பகுதியில் சூர்யலிங்கம், சந்திர லிங்கம் உள்ளன. திருச்செந்தூர் கோவில் ராஜகோபுரத்துக்கு மேலைக் கோபுரம் என்றும் ஒரு பெயர் உண்டு. மேற்கு திசையில் உள்ளதால் இந்த பெயர் ஏற்பட்டது.
திருச்செந்தூர் கோவிலில் மொத்தம் 24 தீர்த்தங்கள் உள்ளன. அவற்றில் நாழிக்கிணறு, வதனாரம்ப தீர்த்தம் இரண்டும் முக்கியமானவை. நாழிக்கிணறு 24 அடி ஆழத்தில் உள்ளது. இங்கு நீராடிய பிறகே கடலில் நீராட வேண்டும் என்பது ஐதீகம்.
தமிழகத்தில் முதன் முதலில் நாகரீகம் தோன்றிய நகரங்களுள் திருச்செந்தூரும் ஒன்று. முருகனின் அறுபடை வீடுகளுள் கடற்கரையில் அமைந்துள்ள ஒரே வீடு இக்கோவிலாகும்.
இங்கு முருகன் சூரபத்மனோடு போரிட்டு, வென்று, வெற்றிக் கொடியான சேவல் கொடியுடனும், பார்வதி தேவி அளித்த வேலுடனும் மயில் வாகனத்தில் அருள் பாலிக்கிறார்.
திருச்செந்தூரில் பாலசுப்பிரமணிய சுவாமி, சண்முகர் என்று 2 மூலவர்கள் உள்ளனர். பாலசுப்பிரமணிய சுவாமி கிழக்கு பார்த்தும், சண்முகர் தெற்கு பார்த்தும் அருள்பாலிக்கிறார்கள்.
இத்திருக்கோயிலில் பன்னிரு சித்தர்களில் எட்டுச் சித்தர்கள் சமாதியாகி உள்ளதாகக் கூறப்படுகின்றது. இத்திருக்கோயில் மூன்று பிராகரங்களைக் கொண்டு அமைந்திருக்கின்றது.
இக்கோவிலில் தினமும் ஒன்பது கால பூஜைகள் நடைபெறுகின்றன. பக்தர்கள் தரிசனத்திற்காக, கோவில் பகல் முழுவதும் திறந்து வைக்கப்பட்டிருக்கிறது. திருச்செந்தூர் முருகன் கோவில் சங்க காலத்திலேயே சிறப்புப் பெற்றுத் திகழ்ந்த திருத்தலமாகும்.
கோவில் பிராகாரத்தின் மேற்குப்பகுதியில், மயில்மீது அமர்ந்த திருக்கோலத்தில் முருகப்பெருமான் சூரபத்மனுடன் போர் புரிவதையும், அதன் எதிரே சூரபத்மன் மார்பில் முருகனின் வேல் பாய்ந்திருப்பதையும் சித்தரிக்கும் அழகிய சிற்பங்களைக் காணலாம்.