காகபுஜண்டரின் மூலமந்திரங்கள் இரண்டு வகைகளாகக் கொண்டதாகும். அவையாவன: கர்மசித்தி மூலமந்திரம் மற்றும் ஞானசித்தி மூலமந்திரம் என்பனவாகும். உலக இன்பங்களைப் பெறுவதற்கு கர்ம சித்தி மூலமந்திரமும், ஞான இன்பங்களைப் பெறுவதற்கு ஞான சித்தி மூலமந்திரமும் பயன்படும்.
காகபுஜண்டரின் கர்மசித்தி மூலமந்திரம்:
"ஓம் க்லீம் ஸ்ரீம் ஸ்ரீபகுளாதேவி சமேத ஸ்ரீகாகபுஜண்டமகரிஷி ப்யோம்
நமஹ நமஹ வசியவசிய ஸ்ரீபாதுகாம் பூஜையாமே! தர்ப்பயாமே!"
காகபுஜண்டரின் ஞானசித்தி மூலமந்திரம்:
"ஞானானந்தமயம்
தேவம் நிர்மல படிகாத்ருதிம்
ஆதாரம் சர்வ வித்யானாம்
காகபுஜண்டம் உபாஸ்மகே!".
