நித்யானந்தாவின் மீதான சர்ச்சைகள் குறைந்தபாடில்லை. சமீபத்தில், அவர், மேட்டூர் அணையில் உள்ள சிவன் கோயிலின் லிங்கம் என்னிடம் தான் உள்ளது. போன ஜென்மத்தில் நான் தான் அந்த கோயிலைக் கட்டினேன் என்று கூறியது பலத்த சர்ச்சையானது. அதற்கு முன்னதாக, சூரியனை நான் தான் காலையில் நிறுத்தி வைத்தேன் என்று கூறி மக்களின் விமர்சனத்துகு உள்ளானார்.இந்நிலையில் அவர் மீது மற்றொரு குற்றச்சாட்டு எழுந்துள்ளது.
நித்யானந்தா நேரடியாக நிர்வகிக்கும் அவரது ஆசிரமங்களுள் குஜராத் மாநிலம் அகமாதாபாத்தில் உள்ள ஆசிரமும் ஒன்று.
இந்த ஆசிரமத்தில் சுமார் 500க்கும் மேற்பட்ட பெண்கள் அடைத்துவைக்கப்பட்டுள்ளதாக புகார் எழுந்த நிலையில், நித்யானந்தாவில் செயலாளர்களில் ஒருரான ஜனார்தன சர்மா என்பவர் கூறியுள்ளதாவது :
எனது 4 மகள்களை நித்யானந்தாவின் பெங்களூர் ஆசிரமத்தில் சேர்த்தேன். அதனையடுத்து, அவர்களில் 2 பேர் மட்டும் அஹமதாபாத் ஆசிரமத்துக்கு இடமாற்றப்பட்டனர்.
இதில், எனது மகள்கள் மீட்கப்பட்டனர்,.ஆனால் இன்னும் 2 மகள்களை நித்யானந்தா தனது பெங்களூர் பிடதி ஆசிரமத்தில் அடைந்து வைத்துள்ளதாக குற்றம் சாட்டினார்.
இந்நிலையில், சர்மாவின் மற்றொரு மகள் நித்தியானந்தா ஆசிரமம் குறித்து சில தகவல்கள், பிரபல தனியார் தொலைக்காட்சிக்குத் தெரிவித்துள்ளார். அதில், தன் முகத்தை மறைத்தபடி பேசிய அவர், ’ஆண்டாள்’ குறித்த சர்சைக்குரிய கருத்து தெரிவித்த கவிஞர் வைரமுத்துவை திட்டச் சொல்லிக் கெட்ட வார்த்தைகள் சொல்லிக் கொடுத்ததே நித்யானந்தா தான என கூறியுள்ளார்.
அப்பெண்ணின் புகாரை அடுத்து போலீஸார், நித்யானந்தா ஆசிரமத்தில், ப்ராணப் பிரியா, பிரியா தத்துவா உள்ளிட்ட நிர்வாகிகள் மீது 6 பிரிவுகளின் கீழ் போலீஸார் வழக்குப் பதிவு செய்துள்ளன. இந்த சம்பவம் பெரும் பரபரப்பை ஏற்படுத்தியுள்ளது.