மரகதலிங்கம் ஒரு வகை சிவலிங்கம். மரகத்தால் செய்யப்பட்டிருக்கும். தமிழகத்தின் பல கோயில்களில் மரகத லிங்கங்கள் உள்ளன. மரகதக்கல் ஒன்பது நவரத்தினங்களுள் ஒன்றாகும்.
நவகிரகங்களில் புதனுக்கு உரிய ரத்தினமாக மரகதம் கருதப்படுகிறது. சில குறிப்பிட்ட நவரத்தினங்களுக்கு ஈர்ப்பு சக்தி உண்டு.
புதனுக்கு உரிய மரகதத்தை, லிங்க வடிவில் வழிபடுவது சிறந்தது என்று புராணங்கள் கூறுகின்றன. சிலைகளும் சக்தி வாய்ந்ததாக இருக்க வேண்டும் என்பதற்காக சில மன்னர்கள் மரகதக் கல்லில் லிங்கத்தை வடிவமைத்தனர்.
கண்ணாடிப் பாத்திரம் ஒன்றில் பாலை ஊற்றி அதில் மரகதத்தைப் போட்டால் பால் முழுவதும் பச்சை நிறமாகத் தோன்றும். நீர் நிறைந்த பாத்திரத்தில் போட்டால் நீர் முழுவதும் பச்சையாகத் தோன்றும். இப்படிப்பட்ட குணமுடைய கல் மிக விலை உயர்ந்த கல் ஆகும்.
மன்னர்கள் இந்த வகை லிங்கங்கள் கோவிலில் வைத்து வழிபடுவதையே சிறப்பு என்று கருதினார்கள். மரகத லிங்கத்தை வணங்குவதன் மூலம் சகல விதமான தோஷங்களில் இருந்தும் நிவர்த்தி பெற முடியும் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
கல்வி, ஆரோக்கியம், அரசருக்கு நெருக்கமான பதவிகளில் அமரும் யோகத்தை மரகதலிங்கம் தரக்கூடிய வல்லமை படைத்தது என்கிறார்கள். வியாபாரத்தில் விருத்தி அம்சம் பெறவும் மரகதலிங்கத்தை வணங்கலாம்.